مدتها تلاش کردند تا او را دستگیر کنند اما امیر با استفاده از ابتکاراتش از دست مامورین فرار می کرد. پس از مدتی به دست عوامل ساواک دستگیر شد . آنها با شکنجه‌های طاقت فرسا تلاش زیادی کردند تا از او اعتراف بگیرند و مانع از ادامه مبارزاتش شوند اما محمدامیر کمترین اطلاعات را هم بروز نداد. او هیچگاه در طول عمرش دست از مبارزه با ستم برنداشت .