سرداران فاتح تهران و عناصر استعماری انگلیس از سر سختی شیخ فضل الله نوری به ستوه آمدند و لذا تصمیم گرفتند او را پس از یک دادگاه فرمایشی به قتل رسانند. پس از موافقت سرداران فاتح تهران و مجاهدان چون سپهدار و سردار اسعد، یپرم خان که تنها دو روز بود، به ریاست کل شهربانی منصوب شده بود، حدود 80-70 نفر از مجاهدان مسلح تحت فرمان یپرم در 11 رجب 1327 ق به منزل شیخ فضل الله یورش بردند و او را در ساختمان شهربانی (نظمیه) در میدان توپخانه زندانی کردند. شیخ فضل الله پس از یک باز جویی صوری در حضور 6 نفر به ریاست شیخ ابراهیم زنجانی و با حضور یپرم خان به اعدام محکوم شد و عصر روز 13 رجب 1327 ق در حضور جمعی از مردم در میدان توپخانه به دار کشیده شد. پیکر او را پس از مدتی مخفیانه به قم برده و همان جا به خاک سپرده شد